从IE3 开始微软就利用了 Windows 系统的强势，搭配在 Windows 95 OSR2 里免费发送给 Windows 用户，但事实上无论从功能面还是设计面 IE3 也都和 Navigator 有一拼之力。在 IE3 的期间，IE 的市占率从不足 10% 上升到了约 30%，也开始了 IE 和 Navigator 两边 Fanboy 的战争。

但其最初几个版本并不受到广泛的使用，直到3.0版本的发行则开始改写了这个局面。3.0版本于1996年8月13日发布，是首个脱离Spyglass源代码发展的版本 （但仍使用Spyglass的“技术”，所以程序的文件记录仍保留了Spyglass的版权资讯），它亦是首个支持CSS技术的主流浏览器。

它引进了 ActiveX控件、Java Applet、内联网页多媒体以及因特网内容选择平台系统对内容元数据的支持。对比于当时它的主要竞争对手Netscape Navigator，这些改进算是十分具代表性的。3.0版本亦捆绑了Internet Mail and News（为Outlook Express的前身）、NetMeeting及Windows Address Book，它亦缺省在Windows 95 OSR 2中。3.0版本被认为是Internet Explorer首个最受到欢迎的版本，

 IE4

IE4 应该是大家熟悉的第一款 IE，在 1997 年 9 月推出。从 IE4 开始了 IE 和 Windows 深入整合的「陋习」，让 IE 不仅是个独立的网络浏览器，也是 Windows 的一部份。

在Windows 95 上是安装的时候才会整合进去，至少消费者还可以选择装还是不装，但到了 Windows 98 的时候是和 Windows 一起出货的，想躲都躲不掉。这让许多人指摘微软打压竞争，也让美国以反托辣斯法介入，并控告微软。法院战本身在 2001 年以和解收场，但余波至今都还在荡漾着。

IE4 最有名的功能，就是和桌面整合的 Active Desktop。Active Desktop 基本上就是在桌面上开一个个的小 IE 窗口，让你可以看各式各样的信息，但是因为实际很花资源，而且常常当掉（那个时代的回忆啊 XD），所以最后好像都是关掉算了。

此外，IE4 也为我们带来了 DHTML、Favicon、和 Outlook Express 4（其实是 Internet Mail and News 的第二版，配合 IE4 才取名 Outlook Express 4 的）。在 IE4 期间， IE 的市占率被一路推到 60%，基本上已经奠定了微软在第一次浏览器大战中胜出的基础。

IE5

1999 年三月发布的 IE5，是微软赢得第一次浏览器大战，并取得浏览器界霸权的关键。最初它是个独立的软件，后来在同年的九月随着 Windows 98 SE 包裹推出，2000 年 7 月 ME 上市时里面包的则是 IE5.5。

IE5 大体上是个小升级，除了增加了 XML 支持和 XMLHttpRequest API （那时还没有 AJAX 这个名字呢！）这两个要许多年后都会盛行起来的功能之外，其它都算是小东西，像是两种新的网页存盘方式、自动完成之类的。IE5 在 2000 年初时便已以 50% 的市占率超越 IE4 和 Netscape，在 IE6 推出时达到了 80% 的高峰。